A rede hidrográfica da Região do Extremo Sul Catarinense pertence ao sistema da vertente do atlântico e insere-se em duas bacias hidrográficas. Os rios que drenam estas duas bacias são de um modo geral de pequena extensão, escoando de Oeste para Leste da região, tendo suas nascentes na serra geral ou encosta.
A bacia hidrográfica do rio Araranguá abrange os municípios de Morro Grande, Meleiro, Turvo, Timbé do Sul e parte dos municípios de Jacinto Machado e Araranguá. Os principais rios desta bacia, além do Rio Araranguá, são: O Rio Manoel Alvez, Rio Amola Faca, Rio Itoupava, Rio da Pedra e outros.
A bacia hidrográfica do Rio Mapituba interliga na região da AMESC os municípios de Praia Grande, São João do Sul, Santa Rosa do Sul, Passo de Torres, Sombrio e parte dos municípios de Jacinto Machado e Araranguá. Os principais rios desta bacia hidrográfica são: O Rio Mampituba, o qual serve de divisor natural entre os estados de Santa Catarina e Rio Grande do Sul, e os rios do Sertão e Canoas, afluentes do Mampituba, entre outros.
Na faixa litorânea destacam-se formações lacustres, sendo a Lagoa do Sombrio, situada nos municípios de Sombrio, Santa Rosa do Sul, São João do Sul e Passo de Torres, com área de 50,60 Km2, a de maior extensão, além desta encontra-se também:
Lagoa do Caverá, nos municípios de Araranguá e Sombrio, com área de 3,50 Km2.
Lagoa Mãe Luzia, nos municípios de Araranguá, com área de 1,27 Km2
Lagoa da Serra, no município de Araranguá, área de 0.97 Km2
Lagoa do Piritú, nos municípios de São João do Sul e Passo de Torres, área de 0.80 Km2
Lagoa de Fora, no município de Sombrio, área de 0.70 Km2
Lagoa do Bicho, no município de Araranguá, área de 0,30 Km2
Destaca-se ainda uma fonte hidromineral salgada, sendo a única no Brasil, estando localizada no município de São João do Sul. Possui uma classificação alcalina-terrosa, cálcio, magnesiana cloretada e sulfatada, e uma temperatura de 38ºC. É muito indicada para tratamentos terapêuticos.
Fonte: Atlas de Santa Catarina – GAPLAN, 1986 / PBDEE-AMESC